一般に三間社流造本殿の内部は、祭神を安置する身舎と、その前面に神職が神事を行うための前室と呼ばれる小部屋を設けていますが、江戸時代の18世紀以降になると、身舎よりも前室を広くとり、神事を執り行う空間を充実させた本殿が造られるようになります。彦留神社本殿は、そのような変遷の県内でも早い事例として学術的に価値の高い建築です。
また、江戸時代の三間社流造本殿は、部分的に取り付けられていた彫刻装飾が広範囲に広がり、建物を一層華やかに見せる変化が生じます。当本殿は、そうした変化が著しく進んだ建築として重要であり、意匠的にも優秀です。
当本殿は、滋賀県における三間社流造の内部の構成や外観の装飾が江戸時代に変遷する特徴が顕著に現れた本殿として、学術的にも意匠的にも優れ、また良材を用いた高い技量により建築された本殿として価値の高い建造物です。