「彦根」の地名は、むかし天照大神の御子に天津彦根命(あまつひこねのみこと) 、活津彦根命(いきつひこねのみこと)の二神がおられ、このうち活津彦根命が活津彦根明神として彦根山に祭られたことに由来しているとされています。
井伊家が彦根藩主となり、築城当時に彦根山にあった多くの社寺を撤去しましたが、その中に活津彦根命を祀った社もありました。 7代当主・直惟公のとき、彦根藩として彦根の地名由来の神を城下近くに祀ることになり、神社の社号を「彦根神社」と改め、一社二神の神社となり、現在の場所に合祀されました。 社紋も井伊家ゆかりの紋所、井桁、橘とし、彦根の惣社となりました。
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