藩籍奉還後は、彦根藩知事、彦根県知事として、さらに欧米に留学し、近代国家の文化を学び、今にちの彦根の文化・教育・産業振興の確固たる基礎を確立しました。
直憲の死後、その功績をしのび、彦根町・犬上郡・大阪市などの有志による基金をもって佐和山神社参道に「えい髪塚」が建立されました。その後、幕末・維新を通じて苦難の道を歩み続けた直憲公の存在と功績が再認識されることを願い、「井伊直憲公顕彰碑」として由緒深い井伊神社の地に移設されました。