山崎山城跡が築かれた山崎山は、琵琶湖岸近くにそびえる荒神山の南東にある小さな独立丘です。
山崎山城跡は、この小丘の山頂の東半分に築かれています。平地と比高は約50メートル。眼下には、織田信長が岐阜から安土を経て、京都へ登る道として整備した「下街道」を見下ろすことができ、周囲を宇曽川が蛇行しながら緩やかに琵琶湖へ注いでいます。一方、はるか北方には彦根山や佐和山を、また、南方には安土山そして八幡山を望むことができます。